L'action prend place au Japon, sous l'ère Edo. Fuu, une serveuse, fait la rencontre fortuite de deux samouraïs prénommés Jin et Mugen. Ceux-ci, suite à un malentendu, en viennent aux mains dans le salon de thé où officie la jeune fille. Un incendie se déclare et les duellistes sont arrêtés. Condamnés à la peine maximale, ils promettent à Fuu de l'accompagner à la recherche d'un homme, si elle parvient à les libérer.
La serveuse réussit à accomplir sa part du marché, et les deux jeunes hommes partent avec elle sur la piste du « samouraï qui sent le tournesol ». Les trois personnages, que tout ou presque oppose, parcouront un Japon féodal anachronique et apprendront progressivement à s'apprécier.